Kualitas koi ditentukan oleh pola warna, kesesuaian jenis koi dan kejelasan warna. Pola warna yang simetris dengan batasan jelas antar warna menunjukkan kualitas yang baik.
Genotip menentukan jumlah dan jenis sel pigmen serta kromatofora. Kromatofora menghasilkan warna juga dipengaruhi otak ikan. Ikan pada wadah gelap cenderung berwarna gelap, begitu pula sebaliknya.
Warna dapat berubah bila ikan mengalami tekanan (stres). Biasanya ikan yang tumbuh lambat mempunyai warna yang lebih baik daripada ikan yang tumbuh cepat karena pigmen bisa diubah dan digunakan untuk pertumbuhan tubuh. Seumur hidupnya, ikan koi dapat menyimpan dan menggunakan pigmen.
Koi muda yang berwarna pucat apabila diberikan pakan berpigmen selama 6 minggu sebelum dipasarkan akan berwarna menarik. Intensitas warna tergantung dari jumlah pigmen dalam kromatofora. Pigmen dapat muncul dengan adanya karotenoid dalam pakan.